Meses después, en un encuentro amistoso contra Italia disputado en Livorno, fanáticos croatas formaron una esvástica en respuesta a unas banderas comunistas de hinchas italianos; la UEFA sancionó el hecho e incluso amenazó a la Federación croata de expulsarlos de la Eurocopa 2008 si continuaban los actos racistas. Cabe destacar la polémica extradeportiva que levantó este enfrentamiento, ya que de haber finalizado el encuentro con empate a dos goles, hubiese sido irrelevante el resultado de los italianos para la clasificación, resultando ellos eliminados, y accediendo croatas y españoles a los cuartos de final del torneo. Comenzó con una victoria por 2-0 sobre Estonia el 4 de septiembre de 1994 y luego por este mismo resultado a Lituania un mes más tarde. Eurocopa 2012 de Polonia y Ucrania tras lograr su clasificación en la repesca frente a la selección turca por un resultado global de 3-0. Una nueva generación de futbolistas como Ivan Rakitić, Luka Modrić, Darijo Srna, Mario Mandžukić e Ivica Olić llevarían a Croacia a disputar su séptimo gran evento de 10 posibles desde su creación en 1990, y siendo el único país balcánico en clasificarse para dicha Eurocopa.
Miroslav Blažević fue nombrado director técnico y dirigió al equipo en la fase de clasificación para la Eurocopa 1996 de Inglaterra. Director técnico Desde Hasta PJ PG PE PP GF GC Dif. Semanas previas al primer partido por las eliminatorias sudamericanas a disputarse ante Bolivia en La Paz, el director técnico para ese entonces, camiseta españa estuvo involucrado en un escándalo extradeportivo que obligó a la Federación a desafectarlo de su cargo como entrenador de la absoluta. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, no consiguió el objetivo de clasificar para el Mundial bajo la tutela de los técnicos Paulo Autuori y luego Freddy Ternero ocupando el penúltimo lugar con tan solo 18 puntos, superando únicamente a Bolivia. Para el siguiente gran evento, la Copa Mundial de Fútbol de 1998 de Francia, el número de participantes fue aumentado a 32 selecciones, por lo que permitió ver a nuevos equipos en la lucha por el triunfo final. ↑ Román, Noelia (18 de enero de 1998). El País, super vigo ed. ↑ «Colombia campeona de la Copa Kirin al vencer a Japón». En el 2014 llegaría la Copa del Mundo, Croacia debutaba ante el local Brasil pero caería 3 a 1 con un polémico arbitraje del japonés Yūichi Nishimura que dictó un penal inexistente cuando el partido estaba empatado.
Luego cayó ante Escocia, empató contra Serbia y perdió ante Bélgica. La selección de Croacia clasificó como segunda del grupo F al empatar sin goles ante Marruecos y Bélgica y ganar por 4-1 a Canadá. Con la excepción de la Eurocopa del año 2000 de Bélgica y los Países Bajos, en pleno período de transición, y la Copa Mundial de Fútbol de 2010 de Sudáfrica, «los ajedrezados» han sido fijos en los grandes eventos futbolísticos, superando incluso a su predecesora, la antigua Yugoslavia, hoy conocida por la selección serbia, presumiendo que los grandes éxitos pasados de la selección yugoslava estuvieron influenciados por la presencia de futbolistas croatas. En la Eurocopa de 1996, realizó una destacada actuación tras quedar eliminada en los cuartos de final del torneo. España se encontró integrada en el Grupo F para lograr la clasificación para la Eurocopa de 2020 de Europa y tuvo como rivales a las selecciones de Suecia, Noruega, Rumanía, Malta e Islas Feroe. Lilian Thuram que eliminaba a los croatas y les privaba de entrar en la historia como una de las selecciones que conseguían disputar una final de la Copa del Mundo en su primera participación. Una de esas selecciones sería el combinado croata, que logró la clasificación al evento tras ganarse una plaza en la eliminatoria de repesca al vencer a la selección ucraniana.
Como 10.ª selección mundial, disputó la fase de clasificación del Mundial de 2014 de Brasil, junto a la selección belga, la selección serbia, la selección escocesa, la selección macedonia y la selección galesa. Un empate a cero en Reikiavik y una victoria por 2-0 en Zagreb, daría la clasificación a los croatas para la fase final del Mundial en tierras brasileñas. La selección croata se clasificó a los octavos de final del Mundial tras ser líder del grupo d, por encima de Argentina, a quien goleó 3-0, con goles de Ante Rebić, Luka Modrić e Ivan Rakitić; Nigeria, con victoria 2-0 con autogol de Etebo y gol de penal de Modrić, e Islandia, ganándole 2-1, con goles de Milan Badelj e Ivan Perišić. Sería la primera vez que Croacia acudiese a una gran cita como país independiente, y sus buenos resultados le valieron para ganar en 1994 el «Best Mover of the Year» por ser la selección que más puestos subió en la clasificación mundial. Durante la primera fase del torneo, Alessandro Altobelli se erigió en la gran figura italiana al ser el autor de todos los tantos italianos. El posible desenlace desató una airada repercusión en la prensa, italiana sobre todo, temiendo otro histórico «Biscotto».
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