En noviembre de ese último año, se inició el camino para la clasificación a la copa del mundo de 1998. El primer reto fue solventar la segunda ronda del evento, lo cual se logró al ubicarse en el segundo puesto de la cuadrangular, por detrás de Canadá. Este sería el origen del actual escudo. Para enfrentar los juegos, Ðoric convocó a tres futbolistas naturalizados salvadoreños: dos eran de origen brasileño, Israel Castro Franco y Nidelson Silva de Mello «Nenei»; y otro de origen serbio, Vladan Vićević. En enero del 2011, los salvadoreños participaron en la Copa Centroamericana bajo la dirección técnica de José Luis Rugamas, y el preparador físico Esteban Coppia y se ubicaron en el cuarto puesto, mientras que Rafael Burgos, con tres tantos, compartió el liderato de goleo del certamen. En sus inicios, fue una de las selecciones más débiles de Conmebol, camisetas de futbol replicas pues el fútbol en Ecuador recién se profesionalizó en la segunda mitad del siglo XX. En su tercera participación en una Copa de Oro de la Concacaf, la Selecta fue colocada nuevamente en el Grupo A, esta vez compartió grupo con México y Guatemala.
El primer partido fue ante México, el partido finalizó con un marcador 1-0 a favor de los Aztecas, y en el siguiente juego la Selecta se midió ante Guatemala a quienes derrotaron 1-0 con gol de Santos Cabrera al minuto 58′. Con esto El Salvador consiguió por primera vez en la historia la clasificación a la segunda fase, donde enfrentó a Estados Unidos. En el primer semestre se solventó la etapa preliminar al quedar en el primer puesto de la triangular en la que también jugaron Guatemala y Belice. La eliminatoria dejó momentos gratos y otros frustrantes: iniciando con un empate de visita ante Canadá y una victoria ante Costa Rica de local (2-1); posteriormente llegaron dos derrotas ante Jamaica de visita (1-0) y otra contra México en el estadio Cuscatlán por la mínima diferencia, que se hizo memorable por una supuesta falta dentro del área penal ignorada por el árbitro. Copa Mundial de Fútbol de 2022, en Catar, dejara de vestir a la selección, ya que al partir del 2023, la marca alemana, Adidas, vestirá a la selección. Para el año 2008 se inició el camino para la copa del mundo de Sudáfrica en 2010, pero tras dejar fuera a la débil selección de Anguila, nuevamente la federación de fútbol fue intervenida por FIFA que ordenó la instalación de otra «comisión normalizadora» en medio del desconocimiento de algunos sectores a la presidencia de Rodrigo Calvo.
En la presidencia de Carlos Villacís, el Bolillo fue contratado nuevamente el 12 de agosto de 2018 para la Copa América Brasil 2019. Hasta el momento han jugado partidos amistosos en septiembre contra Jamaica y Guatemala, 2-0 cada uno. ↑ Pasión Libertadores (24 de agosto de 2015). «Tshabalala hizo un golazo que le puede valer su segunda nominación al Puskas». ↑ «México viaja (4-1)». EFE. Un empate de visita ante Costa Rica (0-0) y un triunfo de local ante Canadá (4-1) levantaron los ánimos de la Selecta, pero sufrió una goleada ante México de visita (5-0). En los dos últimos encuentros empata de local con Jamaica (2-2) en un duelo directo que sepultó sus aspiraciones mundialistas, y a Estados Unidos (4-2) donde cerraría su participación como quinto lugar de la tabla. Una «comisión normalizadora» fue nombrada para tomar las riendas de la administración, y durante ese periodo los cuscatlecos acabaron fuera de la ronda final al ubicarse en el tercer puesto de su respectiva cuadrangular en la que tuvieron sendos resultados adversos contra Honduras de 2-5 como local y 5-0 como visita.
Cabe agregar que la investigación se realizó en juegos de carácter amistoso de la selección salvadoreña como los anteriormente citados. Ante los sospechosos hechos acaecidos principalmente en partidos ante las selecciones de Estados Unidos (1-2), Costa Rica (0-1) en el 2010, Venezuela (1-2) y Paraguay (0-3) en 2013, los cuales fueron puestos bajo «resultados amañados» por una red ilegal de apuestas internacional, la Federación Salvadoreña de Fútbol inició la investigación respectiva, y el 21 de agosto de 2013 suspendió provisionalmente a 22 jugadores por 30 días por sospechas de involucramiento en amaños. Con Paredes se logró sortear al primer rival, la selección de Bermudas (2-1, 2-2) en junio de 2004. En agosto del mismo año, se disputó la segunda fase, donde se jugó una cuadrangular contra los Estados Unidos, Panamá y Jamaica para otorgar dos plazas a la ronda final. El equipo dejó ciertas dudas en cuanto el funcionamiento y el nivel del equipo, siendo así en la cuarta ronda lograría solo 2 empates y 4 derrotas siendo eliminado. Sin embargo, no pasó de la primera fase en su debut en el máximo evento regional que tuvo lugar en enero de 1996. En este tiempo, el equipo era dirigido por el argentino José Omar Pastoriza, quien, pese al buen juego demostrado por sus jugadores en la Copa UNCAF, debió renunciar al cargo por diferencias con las autoridades del fútbol salvadoreño.
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