Ricardo Zamora, fichado por el Aviación Nacional, fue el entrenador del equipo. El 28 de abril de 1940, el equipo dirigido por Ricardo Zamora se adjudicó el título de campeón de la primera división por primera vez en su historia. El delantero de la Selección Española Fernando Llorente saltó al patatal de Kaunas con la camiseta del pasado Mundial de Sudáfrica en vez de la actual en la que aparece la estrella simbólica del campeón. En 21014, por ejemplo, una serie de expertos se dieron cuenta de que, durante veinte años, la selección española de fútbol había lucido en sus camisetas el emblema equivocado. Por tanto, se ideó un sistema de coeficientes en el que se tenían en cuenta los resultados de campañas anteriores, y los cuatro primeros coeficientes ascenderían a Primera División. Por tercer año consecutivo, el Athletic se quedaba a las puertas de la primera división. Los equipos participantes fueron Athletic de Madrid, Madrid, Nacional de Madrid, Valladolid, Sevilla y Betis.
Para prevenir un posible cierre de comunicación de la vía entre Valencia y Madrid, se decidió que lo mejor era que ambos equipos se instalasen en Valencia o Alicante durante el transcurso del torneo. Es entonces cuando el campeonato regional pasa a ser institucionalizado sirviendo además como torneo clasificatorio para la Copa de España. A pesar de ello, sí que se jugaron varios campeonatos regionales (Galicia, Cantabria, Vizcaya, Guipúzcoa, Navarra, Aragón y Andalucía) para decidir los equipos que se clasificarían para el campeonato. El Athletic temía esta posibilidad que le relegaría al puesto de tercero en discordia entre los equipos madrileños. Aquel año, el Athletic Aviación debía haber disputado la liga de Segunda División, debido a que acabó en puestos de descenso durante la anterior campaña. Hay jugadores de épocas más antiguas en los que no se sabe con exactitud su fecha de ingreso al club al no haber tantos datos de los equipos filiales, al contrario que hoy en día. Debido a que todo socio mientras tuviese el uniforme podía ser integrante del equipo, estos contaban con varios equipos con los que poder confeccionar sus alineaciones titulares.
Durante aquel verano, a pesar del mal momento que vivía el equipo, la nueva Junta Directiva se dedicó a preparar con entusiasmo la nueva temporada en Segunda, con la única meta en mente de conseguir de nuevo el ascenso. Sin embargo, el Real Oviedo se vio obligado a solicitar una exención de disputar de esa temporada debido al ruinoso estado en que se encontraba su campo tras los desastres de la Guerra Civil. En aquella plantilla del Real Madrid también estaba Didí, pero, vetado por Di Stéfano, no disputó ni un minuto en aquella edición. El conjunto francés derrotó a las blaugranas por 4-1. Pero, la presencia del Barça en la final continental fue un indicador muy relevante sobre el crecimiento del fútbol femenino en España. En 1927, tras la unificación de las federaciones nacionales del fútbol acontecida un año atrás, las asociaciones capitalinas hicieron lo mismo, fusionándose en la Liga Central de Football de Santiago.
El año pasado en el club no salieron bien las cosas y este año va mejor, estamos aportando más y se ha visto el premio. El 4 de octubre de 1939 se firmó la fusión entre el Athletic Club de Madrid y el Aviación Nacional, lo cual llevó al nacimiento del Athletic Aviación Club. Asimismo, el Frente Popular se había incautado la Real Federación Española de Fútbol, la Federación Castellana de Fútbol, el Athletic Club de Madrid y el Real Madrid. Aquel año, la Federación Española de Fútbol tomó la decisión de ampliar el número de equipos de Primera División. Los equipos participantes fueron: Nacional de Madrid, Racing de Santander, Deportivo Logroño, Valladolid, Zaragoza y Madrid. Los participantes fueron Athletic de Madrid, Madrid, Racing de Santander, Zaragoza, Nacional de Madrid y Valladolid. Aunque se incorporaron más de 1000 nuevos socios (muchos de ellos procedentes del desaparecido Racing) la deuda seguía siendo estratosférica.
Nada más llegar, devolvió el derecho de voto a los socios, readmitió a los que habían sido expulsados permitiéndoles conservar su antigüedad, permitió entrar a nuevos socios sin pagar cuota y reestructuró el club para modernizarlo. Como alternativas destacaban el Valencia, el Sevilla, camisetas de futbol 2021 el Athletic Club y el Barcelona. Athletic Club de Madrid 11 puntos. Aquel año, el club debió afrontar una nueva competición creada en el fútbol español: la Copa de Campeones. A medida que se acercaba el final de la guerra, la evolución del fútbol mejoró en el bando nacional, en tanto que en las zonas republicanas se prestaba más atención a asuntos como detener el avance franquista. Acudió a desear suerte al equipo en el primer acto de Màxim Huerta como ministro. Sin tiempo para recuperarse del mazazo liguero, el equipo se vio obligado a comenzar a disputar la Copa de España. Tras finalizar el campeonato liguero, y jugarse algunos torneos recién creados que no pudieron finalizarse, o siquiera comenzarse, debido a la falta de acuerdo y organización, arrancó la competición copera. Todo parecía bien encaminado, ya que incluso se había sorteado la primera jornada incluyendo a ambos equipos, pero a última hora la Federación no permitió a los conjuntos madrileños participar en el Campeonato Superregional, por no considerarlo lo suficientemente seguro.