En la primera temporada en Segunda División B se obtuvo un insuficiente séptimo puesto, pero el desastre vino en la temporada siguiente, la 2006/07, en la que la actitud errática del consejo de administración, que renovó la práctica totalidad de la plantilla para esta temporada y llegó a contar con hasta tres entrenadores, facilitó el peor resultado de la historia, camisetas futbol baratas el descenso deportivo a Tercera División. Finalmente, el TAS confirmó la plaza para el Granada 74. Para encarar la nueva temporada en Tercera División se contrató a un entrenador mediático: Lobo Carrasco.
